Professor Dr. Wolfgang Faigle kümmert sich um die Schwerpunkte Forschung und Internationale Beziehungen, Professor Dr. Mathias Hinkelmann ist Prorektor für Lehre und Studienabläufe, Professor Dr. Franco Rota ist zuständig für die Hochschulkommunikation, -werbung und PR. Die drei Prorektoren unterstützen den Rektor bereits seit Oktober 2006.

Die Amtszeit der Prorektoren beginnt vorbehaltlich der Zustimmung des Hochschulrats der HdM am 1. November 2012 und endet zum 31. Oktober 2015. Auch für Rektor Roos beginnt im November die zweite Amtszeit. Er wurde bereits im April 2012 für sechs Jahre vom Hochschulrat gewählt.